Comment calculer le salaire en cas d’arrêt maladie ?

Les bases du calcul du salaire pendant un arrêt maladie

Lorsqu’un salarié est en arrêt maladie, son contrat de travail est suspendu mais il peut bénéficier d’un système complexe de compensations financières. Ce dispositif combine les indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS) et des compléments versés par l’employeur, selon des règles précises définies par le Code du travail.

Le mécanisme repose sur trois piliers :

• Un délai de carence de 3 jours sans indemnisation
• Un plafond de calcul basé sur 1,8 fois le SMIC (3 243,24 € brut en 2025)
• Une ancienneté minimale requise pour bénéficier des compléments employeur

Prenons l’exemple de Sophie, cadre dans une PME avec 5 ans d’ancienneté et un salaire mensuel de 3 500 € brut. Son arrêt maladie du 10 au 30 avril 2025 déclenchera :

Période	IJSS (50%)	Complément employeur	Total
10-12 avril (jours 1-3)	0 €	0 €	0 €
13-19 avril (jours 4-10)	53,31 €/jour	0 €	373,17 €
20-30 avril (jours 11-21)	53,31 €/jour	79,97 €/jour	1 463,08 €

Le rôle clé de la subrogation dans les versements

La subrogation simplifie considérablement le processus pour le salarié. Lorsqu’elle est appliquée, l’employeur verse directement l’intégralité des indemnités et se fait rembourser ensuite par la CPAM. Cette option, souvent prévue dans les conventions collectives comme celles de Malakoff Humanis ou AG2R La Mondiale, évite au salarié de devoir gérer plusieurs sources de revenus.

Calcul détaillé des indemnités journalières de la Sécurité sociale

Les IJSS représentent la base du système d’indemnisation. Leur calcul repose sur une méthode standardisée :

1. Détermination du salaire journalier de base : moyenne des 3 derniers salaires bruts divisée par 91,25
2. Application du taux de 50% à ce montant
3. Respect du plafond mensuel de 1,8 SMIC (3 243,24 € en 2025)

Pour un salarié touchant 2 800 € brut mensuel sur les trois derniers mois :

Étape	Calcul	Montant
Salaire de référence	2 800 € x 3	8 400 €
Salaire journalier	8 400 / 91,25	92,05 €
IJSS (50%)	92,05 x 50%	46,03 €/jour

Les mutuelles comme Harmonie Mutuelle ou Groupama proposent souvent des compléments à ces IJSS, notamment pour les professions libérales ou les cadres supérieurs dont le salaire dépasse largement le plafond Sécurité sociale.

Cas particuliers et exceptions au calcul standard

Certaines situations modifient substantiellement le calcul des IJSS :

• Affections de longue durée (ALD) : suppression du délai de carence
• Accidents du travail : taux porté à 60% du salaire journalier
• Salariés intermittents : calcul sur la moyenne des 12 derniers mois

Les banques comme LCL ou BNP Paribas intègrent souvent des simulateurs en ligne pour aider leurs clients salariés à anticiper ces calculs complexes.

Les indemnités complémentaires versées par l’employeur

Au-delà des IJSS, la loi impose aux employeurs de verser un complément de salaire sous conditions. Ce système comporte plusieurs particularités :

Ancienneté	1-30 jours	31-60 jours	Au-delà
1 à 5 ans	90% du brut	66,66% du brut	0 €
6 à 10 ans	90% (40j)	66,66% (40j)	0 €
Plus de 31 ans	90% (90j)	66,66% (90j)	0 €

Prenons le cas de Thomas, technicien avec 8 ans d’ancienneté et 2 400 € brut mensuel, en arrêt du 1er mars au 30 avril 2025 (60 jours) :

• Jours 1-7 : délai de carence – aucune indemnité
• Jours 8-37 : 90% de 2 400 € = 72 €/jour
• Jours 38-60 : 66,66% de 2 400 € = 53,33 €/jour

L’impact des conventions collectives sur les compléments

De nombreuses conventions collectives, notamment dans les secteurs régis par Matmut ou SMEREP, améliorent sensiblement ces dispositions légales. Certaines prévoient :

• Suppression totale du délai de carence
• Maintien à 100% du salaire pendant 1 mois
• Extension de la période indemnisée à 6 mois pour les cadres

La gestion administrative de l’arrêt maladie

La procédure administrative conditionne le versement des indemnités. Une erreur dans les démarches peut retarder voire annuler les droits.

Le parcours type comprend :

1. Transmission du certificat médical à l’employeur et à la CPAM sous 48h
2. Déclaration de l’arrêt par l’employeur sur le portail net-entreprises.fr
3. Calcul conjoint des IJSS et compléments
4. Edition d’un bulletin de paie spécifique mentionnant les différentes indemnités

Les mutuelles comme Mgen ou Aviva proposent souvent des services d’accompagnement pour ces démarches, particulièrement utiles en cas d’arrêts prolongés ou répétés.

Le bulletin de paie pendant l’arrêt maladie

Le bulletin doit faire apparaître clairement :

Rubrique	Exemple
Salaire de base	0 € (suspension contrat)
IJSS	746,34 € (14 jours x 53,31 €)
Complément employeur	1 079,46 €
Salaire brut maintenu	1 825,80 €

Cette transparence est cruciale pour le salarié comme pour l’employeur, notamment en cas de contrôle URSSAF ou de contentieux.

Les dispositifs complémentaires de maintien de salaire

Au-delà du système légal, plusieurs mécanismes permettent d’améliorer la protection financière pendant un arrêt maladie.

Les principaux dispositifs sont :

• Les garanties incapacité des contrats de prévoyance : souvent financées par l’employeur
• Les conventions collectives étendues : comme la métallurgie ou la banque
• Les accords d’entreprise : notamment dans les grands groupes

Une analyse comparative des principales solutions :

Dispositif	Taux de remplacement	Durée maximale	Conditions
Légal	90% puis 66,66%	30+30 jours	1 an d’ancienneté
Convention collective	Jusqu’à 100%	Jusqu’à 1 an	Variable
Prévoyance	70 à 100%	Jusqu’à 3 ans	Cotisations

L’importance croissante des contrats de prévoyance

Face à l’allongement des durées d’arrêt maladie observé depuis 2023, les contrats proposés par des acteurs comme AG2R La Mondiale ou Malakoff Humanis prennent une place centrale. Ces dispositifs couvrent souvent :

• Le complément entre les IJSS et 100% du salaire
• Les périodes au-delà du maintien légal
• Les arrêts pour maladie grave ou accident